五斗米道自汉末张鲁降曹后，迁移北方。不久张鲁去世，教团的发展暂时停滞。其内部发生分化，一些祭酒道官私自传授教职，招收弟子，滥收钱物。曹魏末年，张鲁后裔发布的《大道家令戒》，劝诫道官道民要尊天奉道，持身守诫，企图整顿教团组织涣散、科律废弛的现象，但是收效不大。西晋初，巴蜀地区的五斗米道恢复活动，出现了陈瑞领导的民间道团，陈瑞自称天师，“徒众以千百数”。

　　西晋末，信奉五斗米道的巴夷首领李特、李雄率领部属从关陇地区返回益州，在青城山道士范长生的帮助下，建立了割据巴蜀的成汉国。到了东晋，五斗米道又在江南复兴，许多门阀贵族都信奉五斗米道。例如著名书法家王羲之的家族，就是世代信奉五斗米道的大士族。当时在江浙一带，还有钱塘士族杜子恭创立的一个五斗米道教团，信徒多达数万户，其中也有不少世家大族。杜子恭死后，其门徒孙泰继续传播五斗米道。东晋末年，孙泰因卷入统治集团的内争，被执政者司马元显诛杀。其侄孙恩逃入海岛(今浙江舟山群岛)，聚合徒众，欲图复仇。隆安三年(399)，孙恩乘晋末社会动荡之机，利用五斗米道发动大规模的叛乱。东晋统治下的会稽、吴郡等江东八郡同时俱起，杀长吏以响应之，旬日之中，聚众达数十万。孙恩党徒号称“长生人”，他们诛杀异己，掳掠财货，烧毁仓廪邑室。其后孙恩因兵败投海自杀，据说“妖党妓妾谓之水仙，投水从死者以百数”。他的妹夫卢循又率余众转战至广州，直至义熙六年(410)，才被东晋大将刘裕击败，逃至交州投水而死。

　　孙恩起义震撼了东晋王朝，靠镇压叛军起家的刘裕，不久后便篡夺权位，建立了南朝刘宋政权。由于早期五斗米道主要传播于民间，常被农民起义利用。这种情况不符合统治阶级的利益，容易招致官方的限制和镇压，不利于道教的发展。因此孙恩叛乱失败后，南北朝时期一些出身上层士族的道教徒便出来改造五斗米道，欲图使道教变成能为统治阶级承认的合法宗教。寇谦之便是南北朝道教改革的重要代表人物。

　　寇谦之(365~448)，字辅真，冯翊万年(今陕西临潼北)人;出身世家大族;少好仙道，修张鲁之术，服食饵药，历年无效，据说其诚心感动上天，因此有仙人成公兴来降。有一天寇谦之去姨母家，见成公兴正在佣耕力作，形貌甚强，因带回家中，令其开垦舍南枣田。后来寇发现成公兴精通《周髀》算术，请师事之。公兴曰：“先生有意学道，能否随我隐遁?”寇欣然从之，二人遂共入华山修道;后来又同至嵩山，隐居石室，采药服食，前后共7年。据说成公兴谪降期满，尸解飞升而去。北魏神瑞二年(415)，寇自称在嵩山忽遇太上老君降临，告之曰：“往岁嵩山神上奏天曹，说自从天师张陵去世后，地上修道之人无从师授;今有嵩山道士寇谦之，立身直理，堪处师位。吾故来授汝天师之位，赐汝《云中音诵新科之诫》二十卷。汝宣吾新科，清整道教，除去三张伪法，租米钱税及男女合气之术。大道清虚，岂有斯事?专以礼度为首，而加之服食闭炼。”

　　这一段老君降临传教的故事，是寇谦之自己编造的神话。他的目的是假托神意来整顿道教，改造五斗米道的旧教义。据现存《老君音诵诫经》记载，寇谦之严厉批评了五斗米道自三张去世后组织涣散、科律废弛的弊端，指责祭酒道官私自传授教职，招收不良弟子，滥取道民钱物，伪造仙经药方，妄传黄赤房中之术，甚至利用道教诳惑民众作乱。他宣布将旧道法“尽皆断禁”，废除天师世袭制和祭酒私授职位契箓的做法，革除交纳租米钱税的制度和男女合气方术，改行新的“乐音诵诫新法”。新教法特别注重奉守道诫和斋戒礼拜活动。寇谦之认为，修学长生之人必须奉诫礼拜，积累功德，解除罪过，才能感通仙官降临，接引学者飞升成仙。而服药内炼可以使人除病寿终，是求仙的辅助方法。他说：“长生至道，仙圣相传，口诀授要，不载于文籍。自非斋功念定通神，何能招致乘风驾龙，仙官临顾，接而升腾?……诸欲修学长生之人，好共寻诸《诵诫》，建功香火，斋练功成，感彻之后，长生可克。”寇谦之这种“专以礼度为首，而加之服食闭练”的新道法，更符合统治阶级的利益，使道教得到官方承认。

　　北魏泰常八年(423)，寇谦之又假托老君玄孙李谱文降临，授给他《录图真经》60卷，让他“辅佐北方泰平真君”。次年，寇谦之从嵩山前往北魏首都平城(今山西大同)，献上《录图真经》，又通过司徒崔浩的推荐，得到北魏太武帝赏识。太武帝派使者去嵩山祀神，并迎接在山中的寇氏弟子来平城，宣布崇奉天师，显扬新法，在平城东南建大道坛，供给道士一百二十人衣食，斋肃祈请，六时礼拜，每月设数千人大法会。440年，寇请求为太武帝祈福于嵩山，据说感通太上老君。至442年，太武帝亲自去天师道坛接受道教符箓，成为道教正式信徒。此后北魏历代君主即位后，都要去道坛受符箓，成为惯例。寇谦之被太武帝尊为国师，每有军国大事，常向他询问“天意”。他所创的新天师道，在北魏兴盛了一百多年。直至公元548年，才被北齐文襄王罢废。从寇开始，道教获得了最高统治者的正式承认，成为官方宗教。